La Sezione di Farmacologia dispone di una delle più antiche Biblioteche della Facoltà di Medicina e Chirurgia, comprendente raccolte complete di numerose riviste scientifiche risalenti fino al secolo scorso. Molti dei volumi conservati furono stampati fra il 1500 e i primi decenni del 1900, e costituiscono la parte più preziosa del patrimonio librario annesso al Museo. Fra questi spiccano per particolare pregio un’edizione cinquecentesca del Canone di Avicenna (Venezia, 1582) e volumi seicenteschi sull’arte dei Semplici e sui ricettari, come le opere di Auda da Lantosca (Roma, 1660), Johannes Schroderus (Ulma, 1644) e Timoteo Rosselli (Venezia, 1644). Particolarmente ricca è la sezione settecentesca, che contiene, tra gli altri, un’edizione patavina dell’Opera Omnia di Sydenham. La maggior parte dei volumi della biblioteca storica sono conservati in armadi coevi, in cui sono tutelati dagli insulti del tempo e catalogati per la fruizione da parte degli studiosi e degli appassionati di storia delle scienze.